咖啡植物学上常见的咖啡种类主要分为两大类：罗布斯塔咖啡（Coffea canephora）和阿拉比卡咖啡（Coffea arabica）。这两种咖啡占了全球市场的绝大部分，其它的咖啡种类如马来西亚咖啡、利比利亚咖啡、印尼咖啡、几内亚咖啡和夏威夷咖啡等都属于亚种或品种。
1.阿拉比卡咖啡：阿拉比卡咖啡是市场上最常见的种类，占据了市场绝大部分。阿拉比卡咖啡通常在海拔1000-2000米的高冷山区种植，这种咖啡因天气等因素而产生多种不同的特质，单一品种的阿拉伯卡咖啡因此可以分为不同的品种来区分。
2.罗布斯塔咖啡：罗布斯塔咖啡是另一个重要的咖啡种类，通常在海拔低于阿拉比卡咖啡的海拔上种植，更加耐热和适应性强，在较高的海拔上无法生长。罗布斯塔咖啡比阿拉比卡容易生长，但其口感要比阿拉比卡苦、酸度更高。
除了这两类主要的咖啡，还有一些罕见的品种，包括：
1.几内亚咖啡：几内亚咖啡（Coffea liberica）是一种对疾病和咖啡叶锈病抵抗力较强的咖啡品种，被广泛种植在撒哈拉沙漠之南非洲地区的农田上。
2.稀有品种：还有一些罕见和不被广泛种植的咖啡品种，如非洲的伊索牙咖啡、印度的贡达尔咖啡、萨尔瓦多的波旁咖啡等等。
需要注意的是，咖啡的种类和口感不仅由咖啡品种所决定，处理咖啡豆的方法、咖啡机的使用方式和冲泡方法也会对咖啡的口感产生影响。